La palabra Cella tiene diversas acepciones y todas ellas dan idea de espacio o de habitación de poca extensión, por el contrario la palabra prealatus, significa algo muy extenso, espacio muy vasto.

Ambas significaciones parecen señalar, al ir unidas, que Cillaperlata tuvo como origen de su toponimio a las dos cuevas  existentes en el escarpe sobre el que se asienta el pueblo: Covanuto, cueva pequeña y la cueva o cueva grande.
 Pero el vulgo cree que su nombre procede de celda del prelado o  de iglesia preferida dada la importancia que el monasterio de San Juan de la hoz, situado en el término, abadía y luego priorato tuvo en la vida de las gentes de Cillaperlata, sobre las que ejerció señorío, creencia que no está relacionada con la antigüedad de Cillaperlata, que es anterior al monasterio y donde posiblemente, en sus cuevas, se inicio una vida eremítica.

También se cree que el  nombre se deriva de la unión de Cilla y Petralata, nombre este último del monte que cobijó al antiquísimo monasterio repoblacional de San Juan de la Hoz.